目前沒有特定藥物醫治甲型肝炎。大部分患者都能完全康復，治療方法主要是舒緩不適和保持營養均衡，包括補充身體流失的水分。只有極少數的病例會發展成嚴重肝病。甲型肝炎痊癒後，通常可獲終生免疫，並不會造成慢性肝病。
慢性乙型肝炎感染者須依照醫生的建議定期作身體檢查，如抽血檢驗：肝功能、甲胎蛋白、病毒數量和其他相關項目；及定期接受肝臟超音波檢查。醫生會根據感染者的情況作詳細評估，及決定治療方案。
並非每個慢性乙型肝炎患者都需要服抗病毒藥。
服用任何抗病毒藥物均需要遵照醫生指示，切勿因病毒已被抑制或肝功能回復正常而自行停藥。不當停藥後，乙型肝炎很有機會復發，更可能會引致肝衰竭，甚至死亡。
現時有些抗病毒藥物能抑制病毒複製，藉著減少病毒數量而減輕對肝臟的破壞，一線抗病毒藥物包括：恩替卡韋(entecavir) 和替諾福韋 (tenofovir)。感染者可諮詢醫生這些藥物是否合適。
慢性乙型肝炎患者如需接受任何免疫抑制的治療，如高劑量類固醇或化療，醫生會根據病情需要對治療方案作出評估。
現時，絕大部分丙型肝炎感染是可以透過治療而痊癒的。傳統治療丙型肝炎藥物包括聚乙二醇干擾素和利巴韋林，治癒率約六成。另外，新型全口服「直接抗病毒藥物」療程只需八至十二星期，副作用較少，而且療效顯著，可治癒九成半以上丙型肝炎病毒感染，成功把病毒清除，從而大大減低病人肝病惡化及肝癌的風險。
治療的目的是要清除血液中的丙型肝炎病毒。
持續病毒學反應 (sustained virological response,SVR)， 亦即在治療結束十二或二十四星期後，血中仍偵測不到丙型肝炎病毒 (丙型肝炎病毒核糖核酸)，就是治療成功，亦不會把病毒傳給他人。
目前並沒有治癒丁型肝炎的方法。根據現時指引，一般建議服用聚乙二醇干擾素α至少四十八星期，以降低病情惡化的風險。
目前沒有能改變急性戊型肝炎病情的治療方案。大部份患者在接受一至六星期 的支援性治療及休息後便可痊癒 。一般來說，戊型肝炎不會引致慢性肝炎。可是，過往曾有免疫功能受抑制人士患上慢性戊型肝炎的病例，在此情況下，便可能需要服用抗病毒藥物清除病毒。